През първите години от създаването й, дейността на клиниката на Клиниката бе насочена основно към овладяване и усъвършенстване на подходите и методите за провеждане на клинични проучвания на лекарства при хора. От създаването и до понастоящем, ККФТ е водещо звено в страната по отношение организирането и провеждането на клинични изпитвания на лекарствени продукти от фаза 1. От 1981 – до 2021 г в ККФТ, в сътрудничество с водещи фармацевтични компании от Европа и страната в ККФТ са проведени над 300 клинични изпитвания на лекарства. През годините, лекарите от ККФТ участват активно в дейността на Местната Комисия по Етика (МКЕ) към болницата, в качеството на председател, зам. председател и секретар.
Понастоящем, дейността на ККФТ е тясно интегрирана в лечебната дейност на болницата и е съсредоточена основно в областта на рационалната лекарствена употреба, клиничната фармакокинетика и фармакодинамика, лекарствената епидемиология и фармакоикономика. Основна насока в дейността на Клиниката е разработване и внедряване на практически подходи за оптимизиране на лекарствената употреба. Членовете на ККФТ участват активно в дейността на Комисията по лекарствена политика към болницата. За първи път в страната са разработени и внедрени в клиничната практика стандартизирани оперативни процедури за провеждане на антимикробна хирургична профилактика в клиниката по хирургия. В резултат- степента на рационално провежданата антимикробна хирургична профилактика нарасна трикратно – до над 80 % в сравнение с предходните години, като се изравни по този показател с водещи хирургични клиники в Европа. Това позволи значително да се оптимизира използваемостта на антимикробните средства в клиниката по хирургия, което от своя страна доведе и до значителни икономии на финансов ресурс.
В допълнение - бяха разработени и внедрени правила при осъществяването на промоционалните дейности на фармацевтичните компании в болницата. Това доведе до ограничаване на нерационалното изписване на лекарствени препарати в болницата, което беше съпроводено и от реализирането на значителни икономии на финансови средства.
В ККФТ се провежда обучение по дисциплината „Клинична фармакология” на студенти по медицина. Преподаването е проблемнo ориентирано, интерактивно, на съвременно ниво и се базира на концепцията на СЗО за „Персонално лекарство” с основен акцент- придобиване от студентите на теоретични познания и практически умения за рационален избор и изписване на лекарства. ККФТ е база за следдипломно обучение на докторанти и лекари- специализанти по специалността „Клинична фармакология и терапия“.
Научно- изследователската дейност на Клиниката е насочена основно върху изследването както на нови, така и на утвърдени в практиката лекарствени препарати, с оглед оптимизирането на тяхната клинична използваемост. През последните години акцентът е насочен към клиничното изследване на нови, потенциални маркери за чернодробна дисфункция, както и върху влиянието на бъбречната и чернодробната недостатъчност върху фармакокинетиката и фармакодинамиката на нови и утвърдени в клиничната практика лекарствени продукти. Резултатите от тези проучвания са публикувани в над 100 престижни международни научни списания, като JAMA, Lancet, European Journal of Clinical Pharmacology, International Journal of Clinical Pharmacology and Therapeutics, Drugs research и др. Като едно от най- значимите научни постижения на сътрудниците на Клиниката е проведеното международно проучване за установяване на връзката между приложението на лекарствени продукти и риска от развитието на агранулозицоза и апластична анемия. Резултатите от проучването на риска от агранулоцитоза при употребата на метамизол в България бяха публикувани в изключително престижното научно списание „The Lancet“.
Началникът на Клиниката - проф. д-р Емил Гачев е Национален консултант по „Клинична фармакология и терапия“ към МЗ за периода 2014 – 2020 г. и председател на Държавната изпитна комисия за придобиване на специалност по „Клинична фармакология и терапия“ от 2012 г. Той е и член на Комисията за оценка на риска при проследяване на лекарствената безопасност към ИАЛ, МЗ от 2014 г.
През 2007 г. проф. д-р Емил Гачев е избран за заместник председател на БМД по „Клинична фармакология и терапия”, а от 2015 г. - за зам. председател на БМД по „Фармакология и клинична фармакология“ и председател на Секцията по „Клинична фармакология и терапия“ към СБМС.
За международния авторитет на Клиниката свидетелства и избирането на двама от нейните началници за членове на изпълнителното бюро на Европейската Асоциация по Клинична Фармакология и Терапевтика (EACPT), организация, обединяваща над 3500 клинични фармаколози от Европа: проф. д-р Витан Влахов за периода 2003- 2007 и доц. д-р Емил Гачев за периода 2007 – 2011 г.